법무법인(유) 화우

조세심판원은 2026. 6. 5. 학교법인 K대학교(이하 "청구법인")가 의과대학 부속병원의 전임교원들에게 지급한 본봉·연구비·가족수당 등 약 644억 원에 대하여 서울특별시장(이하 “처분청”)이 한 주민세 종업원분 부과처분을 취소하는 결정을 내렸습니다.

이번 결정은 의과대학 전임교원의 주된 직무가 수익사업(의료업)이 아닌 학생교육 및 연구에 있다는 점을 명확히 한 것으로, 유사한 구조의 의과대학 부속병원을 운영하는 전국 학교법인들에도 파급효과가 미칠 것으로 예상됩니다. 나아가 주민세(종업원분) 면제 대상을 판단함에 있어 "주된 직무"의 판단기준을 명확히 제시한 선례로서 중요한 의의가 있습니다.

1. 사안의 배경 및 쟁점

2. 조세심판원의 판단

3. 시사점

1. 사안의 배경 및 쟁점

주민세 종업원분이란 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 지방세입니다(지방세법 제74조 제3호). 지방세특례제한법은 학교 및 외국교육기관에 대한 주민세 종업원분을 면제하되, 수익사업에 관계되는 주민세 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있습니다(지방세특례제한법 제41조 제3항).  같은 법 시행령은 위 규정과 관련하여, 종업원이 면제대상 사업과 수익사업에 겸직하는 경우 주된 직무에 따라 면제 여부를 판단하도록 정하고 있습니다(지방세특례제한법 시행령 제18조 제4항).

처분청은 2015년 지방세특례제한법령 개정 이후 의과대학 부속병원의 의료업이 주민세 과세대상으로 전환되었다는 점, 급여의 재원이 수익사업인 병원의 이익이라는 점, 전임교원(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임하는 교수)들이 병원 내 연구실을 두고 진료 보직을 수행한다는 점 등을 근거로, 이들에게 지급된 급여 역시 주민세 종업원분 과세대상에 해당한다고 보았습니다. 이에 처분청은 청구법인이 소속 전임교원들에게 지급한 급여에 대하여 주민세 종업원분을 신고‧납부하지 않았다는 이유로, 2023년 10월 청구법인에게 주민세 종업원분을 부과‧고지하였습니다. 이에 법무법인(유한) 화우는 청구법인을 대리하여 2023년 12월 조세심판원에 위 처분에 대한 취소를 구하는 심판청구를 제기하였습니다. 

이 사건의 쟁점은 의과대학 전임교원의 주된 직무가 수익사업인 의료업을 위한 것인지, 아니면 수익사업이 아닌 교육‧연구인지였습니다.

2. 조세심판원의 판단

조세심판원은 다음과 같은 근거로 처분청의 주민세 부과처분이 부당하다고 판단하여 이를 취소하는 결정을 하였습니다.

가. 전임교원의 주된 직무를 교육 및 연구라고 인정

조세심판원은 청구법인이 이 사건 전임교원들의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 청구법인이 이 사건 전임교원들에게 지급하는 급여는 다른 단과대학의 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 동일하다고 판단하였습니다. 또한 전임교원들의 임상경험과 연구활동이 불가분적으로 결합되어 있는 특수성을 고려할 때, 부속병원에서 환자를 진료하고 수술하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나 각종 수련을 하는 것은 의과대학 교육과정의 일환이므로, 전임교원들의 주된 직무를 수익사업으로 볼 수 없다고 판단하였습니다.

나. 재원 출처에 따른 과세 논리의 부당성

처분청은 청구법인이 전임교원에게 지급한 급여의 실질적 재원이 부속병원의 수익임을 강조하며 이를 수익사업에 대한 대가라고 주장하였습니다. 그러나 조세심판원은 종업원에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정할 수 없다고 판시한 판례 등을 근거로 이를 배척하였습니다.

3. 시사점

이번 결정은 주민세 종업원분의 과세 여부가 급여 재원의 출처가 아닌 급여의 실질적 성격과 직무의 내용에 따라 결정되어야 한다는 원칙을 확립하였습니다. 이에 따라 학교법인은 전임교원의 직무 분장 및 업무 비중에 대한 내부 기준과 증빙을 체계적으로 정비할 필요가 있을 것으로 판단됩니다. 또한, 이번 결정은 유사한 구조의 의과대학 부속병원, 나아가 모든 종류의 수익사업을 운영하는 학교법인들의 주민세 종업원분 과세 여부에 관한 선례로 작용할 것으로 기대됩니다. 학교법인들은 이번 조세심판결정을 토대로 소속 직원들의 주된 직무를 면밀히 점검하여 부당하게 납부한 주민세 종업원분이 있는 경우 경정청구 및 환급 가능성을 적극적으로 검토해 보시기 바랍니다.

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