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공익법인 상증세법 의무 위반 감독 강화: 주요 의무사항과 제재 동향

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  • 2025.10.02

최근 국세청이 공익법인에 대한 세무 감독을 강화하면서 상속세 및 증여세법상 각종 의무 위반 시 증여세 및 가산세 부과를 엄격히 적용하고 있습니다. 출연재산의 공익목적 사용, 특수관계인과의 거래 제한, 주식 보유 한도 등 핵심 의무사항을 위반할 경우 해당 재산가액에 대한 증여세는 물론 최대 200%의 가산세까지 부과될 수 있어 공익법인의 철저한 컴플라이언스 체계 구축이 필요합니다.

 


1. 배경

2. 출연재산 관리 의무와 제재

3. 시사점


 

1. 배경

 

공익법인이 재산을 출연받는 경우 원칙적으로는 증여세 과세 대상에 해당합니다. 그러나 상속세및 증여세법 제48조는 공익법인이 출연받은 재산을 증여세 과세가액에 불산입하여 증여세를 과세하지 않도록 예외를 두고 있습니다.

 

이러한 세제상 혜택의 대가로 공익법인은 출연재산을 공익목적사업에 직접 사용하고, 특수관계인과의 거래를 제한하는 등 엄격한 의무를 부담하며, 이를 위반할 경우 해당 재산가액에 대해 증여세가 부과되거나 가산세가 부과되는 등 엄중한 제재가 따릅니다.

 

국세청은 공익법인의 세무 컴플라이언스 강화를 위해 공익법인의 의무 위반 여부에 대한 확인을 강화하고 위반 사항 적발 시 관련 제재를 엄격히 적용하고 있어, 공익법인의 주의가 필요한 상황입니다.

 

 

2. 출연재산 관리 의무와 제재

 

가. 출연재산의 공익목적 사용 의무

 

 공익법인은 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 전부 사용하고, 3년 이후에도 계속하여  
 공익목적사업에 사용하여야 합니다.

 

위반 시 제재: 증여세 부과

- 3년 이내 미사용 금액

- 3년 이후 사용 중단 금액 

- 공익목적 외 사용 금액

 

나. 출연재산 매각대금 사용 의무

 

출연재산을 매각한 경우 그 매각대금을 매각 사업연도 종료일부터 1년 이내 30%, 2년 이내 60%, 3년 이내 90% 이상을 직접 공익목적사업에 사용해야 합니다.

 

위반 시 제재

- 공익목적 외 사용금액 및 90% 미달 사용금액: 증여세 부과

- 1~2년 기준 미달 사용금액: 10% 가산세 부과

 

다. 운용소득 사용 의무

 

출연재산의 운용소득(이자, 임대료, 배당금 등)은 사업연도 종료일부터 1년 이내 80% 이상을 직접 공익목적사업에 사용해야 합니다.

 

위반 시 제재

- 공익목적 외 사용금액: 증여세 부과

- 기준 미달 사용금액: 10% 가산세 부과

 

라. 수익용 출연재산 의무사용

 

일정 규모 이상의 공익법인은 매년 수익용 재산의 1%(발행주식총수의 10% 초과보유시 3%) 상당액 이상을 공익목적사업에 사용해야 합니다.

 

위반 시 제재

- 기준 미달 사용금액: 10% 가산세 부과

- 주식 5% 등 초과 공익법인: 200% 가산세 부과
 

 

 

 

3. 시사점

 

공익법인을 운영하는 기관과 출연자는 상속세 및 증여세법상 각종 의무사항의 준수가 단순한 절차적 요구사항이 아니라 실질적인 세무 리스크와 직결되어 있음을 명확히 인식해야 합니다. 특히 국세청의 감독 강화 추세에 맞춰 다음과 같은 대응이 필요합니다.

 

첫째, 체계적인 컴플라이언스 시스템 구축이 시급합니다. 출연재산의 사용 현황, 특수관계인과의 거래 내역, 주식 보유 현황 등을 상시 모니터링할 수 있는 내부 관리 체계를 마련해야 합니다. 각 의무사항별로 담당자를 지정하고, 정기적인 점검 절차를 통해 위반 요소를 사전에 차단하는 것이 중요합니다.

 

둘째, 전문가와의 협력체계 강화가 필요합니다. 상속세 및 증여세법상 공익법인의 의무사항은 그 규정 체계가 매우 복잡하고, 개정이 빈번하여 전문가로부터 지속적인 검토를 받지 않는다면 완전한 준수가 어려울 수 있습니다. 특히, ‘직접 공익목적에 사용 여부’, ‘수익용재산 해당 여부’, ‘출연재산가액의 평가’ 등에 관한 분쟁이 다수 발생하고 있어 주의를 요합니다. 따라서 세무 전문가, 법무 전문가와의 정기적인 자문을 통해 법령 변경사항을 즉시 반영하고, 의심스러운 거래나 결정 사항에 대해서는 사전에 검토받는 것이 바람직합니다.

 

셋째, 증여세 및 가산세 부과의 파급효과를 고려한 신중한 의사결정이 요구됩니다. 단순한 절차 위반이라고 가볍게 여겨서는 안 되며, 특히 200% 가산세가 적용되는 주식 5% 초과보유 공익법인의 경우 수익용재산 의무사용 위반 시 막대한 세무 부담이 발생할 수 있음을 유념해야 합니다.

 

마지막으로, 예방적 관점에서의 정기적인 자체점검을 실시해야 합니다. 매 사업연도별로 체크리스트를 활용한 자체점검을 실시하고, 위반 가능성이 발견되면 즉시 시정조치를 취하는 것이 중요합니다. 국세청의 감독이 강화되고 있는 현 시점에서 사후 대응보다는 사전 예방이 보다 효율적이고 경제적인 대응 방안이 될 수 있습니다.

 

 

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화우 조세형사PG는 조세 관련 형사사건에 관해 과세관청 조세범칙조사단계부터 고발 후 수사기관 수사단계, 기소 후 형사공판단계에서 최적의 법률서비스를 제공하고 있습니다. 특히 화우는 검찰, 국세청 등 유관기관 출신 전문 변호사들이 주축이 되어 치밀한 법리구성 및 논리개발 등 면밀한 대응을 통해 최선의 결과를 도출해 왔습니다.

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